大丈夫です。

もともとステンドグラスは外壁に使われていたものです。
なので、そのまま外壁にお使い頂いても、もちろん大丈夫なのですが、日本では、そのまま、外壁にはめ込むことは、なかなか受け入れられないと思います。

もし、外壁面にはめ込みたい場合は、外壁面にはめ込み専用の窓（FIX)を入れて、2重ガラスの要領でステンドグラスを入れることをおススメしています。

現場の施工業者様にご相談してみてください。簡単に対応して頂けます。